Βιβλιοθήκες γραμμένες σε Nextflow

rnaseq

Σωλήνας ανάλυσης αλληλουχίας RNA χρησιμοποιώντας STAR, RSEM, HISAT2 ή Salmon με μετρήσεις γονιδίων/ισομορφών και εκτεταμένο ποιοτικό έλεγχο.
  • 646
  • MIT

patterns

Μια επιμελημένη συλλογή μοτίβων υλοποίησης Nextflow (από nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Διοχέτευση ανάλυσης για την ανίχνευση βλαστικών ή σωματικών παραλλαγών (προεπεξεργασία, κλήση παραλλαγής και σχολιασμός) από WGS / στοχευμένη αλληλουχία.
  • 256
  • MIT

chipseq

Σωλήνας κλήσης αιχμής, QC και διαφορικής ανάλυσης ChIP-seq..
  • 149
  • MIT

atacseq

Αιχμή κλήσης ATAC-seq και αγωγός ανάλυσης QC.
  • 142
  • MIT

mag

Συναρμολόγηση και δέσμευση μεταγονιδιωμάτων.
  • 134
  • MIT

eager

Ένας πλήρως αναπαραγόμενος και υπερσύγχρονος αγωγός ανάλυσης αρχαίου DNA.
  • 96
  • MIT

configs

Αρχεία διαμόρφωσης που χρησιμοποιούνται για τον καθορισμό παραμέτρων ειδικά για υπολογιστικά περιβάλλοντα σε διαφορετικά ιδρύματα (κατά nf-core).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Μια απόδειξη της ιδέας του αγωγού RNAseq.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

Ροή εργασιών βέλτιστων πρακτικών (WIP) για σπάνιες ασθένειες.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Δακτυλογράφηση HLA ακριβείας από δεδομένα αλληλουχίας επόμενης γενιάς.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Μια απόδειξη της ιδέας του αγωγού RNA-Seq με το Nextflow.
  • 28

GATK

Παραλλαγή Germline Calling Nextflow Pipeline με βάση τις βέλτιστες πρακτικές GATK4.
  • 11